Komplikasi dapat timbul bila ukuran batu ginjal sangat besar sehingga mengambat aliran urine. Kondisi ini dapat menyebabkan kerusakan ginjal permanen, serta infeksi pada saluran kemih dan ginjal.

Selain itu, pengobatan untuk batu ginjal, terutama yang berukuran besar, juga dapat menimbulkan komplikasi, seperti:

  • Cedera pada ureter
  • Penyumbatan pada ureter
  • Perdarahan
  • Infeksi yang menyebar ke seluruh tubuh melalui darah (bakteremia)

Pada orang yang pernah menderita batu ginjal dan sembuh, risiko kambuhnya batu ginjal sangat besar. Faktor yang dapat meningkatkan risiko tersebut adalah:

  • Terlalu banyak mengonsumsi makanan yang mengandung protein tinggi dan terlalu sedikit mengonsumsi makanan berserat
  • Pernah menderita infeksi ginjal atau infeksi saluran kemih yang berulang
  • Tidak aktif secara fisik, misalnya karena lumpuh atau mengalami tirah baring
  • Pernah menderita batu ginjal saat usianya di bawah 25 tahun
  • Memiliki keluarga dengan riwayat penyakit batu ginjal
  • Pernah menjalani operasi pada sistem pencernaan
  • Terlalu banyak mengonsumsi suplemen yang mengandung kalsium
  • Mengonsumsi obat-obatan aspirin, antasida, diuretik, obat antikejang, dan obat-obatan untuk HIV