Infeksi saluran kemih yang dibiarkan tidak tertangani dapat menyebabkan infeksi ginjal (pielonefritis). Kondisi ini akan mengakibatkan kerusakan ginjal permanen. ISK juga berisiko untuk kambuh dalam kurun waktu 6 bulan, atau hingga empat kali dalam setahun.
Sejumlah komplikasi lain yang dapat terjadi akibat ISK yang tidak tertangani adalah:
- Sepsis, yaitu kondisi berbahaya akibat infeksi, terutama bila infeksi menyebar hingga ke ginjal.
- Striktur uretra (penyempitan uretra pada pria).
- Kelahiran prematur dan bayi terlahir dengan berat badan lahir rendah, jika dialami oleh wanita hamil.