Infeksi saluran kemih yang dibiarkan tidak tertangani dapat menyebabkan komplikasi berbahaya, seperti:
- Kerusakan ginjal permanen, jika bakteri menyebar hingga ke ginjal
- ISK berulang (kambuh) dalam kurun waktu 6 bulan atau hingga 4 kali dalam setahun
- Striktur uretra atau penyempitan saluran kencing
- Kelahiran prematur dan bayi terlahir dengan berat badan lahir rendah, jika ISK dialami oleh wanita hamil
- Sepsis, yaitu kondisi ketika bakteri penyebab ISK (biasanya yang menyebar hingga ke ginjal) masuk ke aliran darah dan menyebabkan respons tubuh yang bisa berakibat fatal