Infeksi saluran kemih yang dibiarkan tidak tertangani dapat menyebabkan infeksi ginjal (pielonefritis). Kondisi ini akan mengakibatkan kerusakan ginjal permanen. ISK juga berisiko untuk kambuh dalam kurun waktu 6 bulan, atau hingga empat kali dalam setahun.

Sejumlah komplikasi lain yang dapat terjadi akibat ISK yang tidak tertangani adalah: