Cara terbaik untuk mencegah kutil kelamin adalah tidak berhubungan seks dengan seseorang yang tidak Anda ketahui riwayat seksualnya. Hal ini karena bisa saja pasangan seksual Anda terserang kutil kelamin, namun tidak diketahuinya karena tidak menimbulkan gejala.

Langkah pencegahan lain adalah dengan menggunakan kondom setiap berhubungan seks. Hanya saja perlu diingat bahwa kondom tidak 100 persen efektif mencegah kutil kelamin. Di samping itu, penting untuk tidak berganti-ganti pasangan seksual dan berbagi pakai alat bantu seks.

Metode selanjutnya untuk mencegah kutil kelamin adalah dengan imunisasi HPV. Vaksin HPV diberikan 2 atau 3 kali sebelum seseorang mulai aktif secara seksual, yaitu mulai usia 10 sampai 18 tahun. Penelitian menunjukkan bahwa pemberian vaksin pada usia yang dianjurkan dapat mengurangi risiko kutil kelamin hingga lebih dari 50 persen.

Vaksin HPV umumnya hanya menimbulkan efek samping ringan, seperti nyeri pada area bekas suntikan, pusing, sakit kepala, serta flu ringan.