Seperti yang telah dijelaskan di atas, kutil kelamin menular melalui hubungan seksual. Oleh sebab itu, cara paling efektif untuk mencegah penyakit ini adalah dengan melakukan hubungan seks yang aman, seperti:

  • Menggunakan kondom setiap berhubungan seks
  • Tidak berganti-ganti pasangan seksual
  • Tidak berbagi pakai alat bantu seks (sex toys)
  • Memastikan bahwa pasangan seks tidak menderita kutil kelamin atau infeksi HPV
  • Tidak berhubungan seks dengan seseorang yang tidak diketahui riwayat seksualnya

Selain dengan melakukan upaya di atas, kutil kelamin juga bisa dicegah dengan menjalani vaksinasi HPV. Vaksin HPV diberikan 2–3 kali pada orang yang belum aktif secara seksual, yaitu di usia 10–18 tahun.

Penelitian menunjukkan bahwa pemberian vaksin pada usia yang dianjurkan dapat mengurangi risiko terjadinya kutil kelamin dengan lebih efektif.