Diare dapat disebabkan oleh sejumlah kondisi, tetapi umumnya terjadi akibat infeksi virus di usus besar. Jenis virus penyebab diare meliputi Rotavirus, Norwalk, Cytomegalovirus, dan virus hepatitis. Di antara jenis-jenis virus tersebut, Rotavirus adalah virus yang paling sering menyebabkan diare pada anak-anak.

Selain infeksi virus, diare juga dapat disebabkan oleh:

  • Infeksi bakteri, seperti Campylobacter, Clostridum difficile, Escherichia coli, Salmonella, dan Shigella
  • Infeksi parasit, contohnya amebiasis, kriptosporidiosis, giardiasis, atau strongyloidiasis
  • Infeksi virus lain, seperti SARS-CoV-2 penyebab COVID-19 dan norovirus
  • Alergi makanan
  • Makanan yang mengandung pemanis buatan
  • Intoleransi fruktosa (gangguan dalam mencerna pemanis alami pada madu dan buah-buahan)
  • Intoleransi laktosa (gangguan dalam mencerna zat gula pada susu dan produk sejenisnya)
  • Efek samping operasi batu empedu
  • Efek samping obat-obatan, misalnya antibiotik yang dapat mengganggu keseimbangan alami bakteri dalam usus, atau antasida yang mengandung magnesium

Pada kasus diare yang berlangsung lama (kronis), penyebabnya bisa meliputi: