Meski tergolong jarang, beberapa penderita migrain dapat mengalami komplikasi berupa:

  • Stroke iskemik akibat infark migrain, terutama pada penderita migrain dengan riwayat tekanan darah tinggi, atau penyakit jantung dan pembuluh darah
  • Gangguan psikologis, seperti depresi, cemas, atau panik
  • Gejala aura yang tidak hilang selama lebih dari 1 minggu, tanpa adanya infark migrain
  • Status migrainosus, yaitu serangan migrain parah yang berlangsung lebih dari 72 jam
  • Kejang akibat migrain, yang terjadi saat migrain timbul

Selain akibat migrain, komplikasi juga dapat timbul akibat penanganan migrain, meliputi:

  • Sakit kepala akibat konsumsi obat sakit kepala dalam dosis tinggi atau lebih dari 10 hari
  • Sindrom serotonin, yaitu kondisi ketika kadar zat serotonin di dalam tubuh sangat tinggi sehingga menyebabkan kejang, terutama pada pasien yang mengonsumsi obat golongan triptan
  • Gangguan pada perut, yang biasanya disebabkan oleh konsumsi OAINS dalam dosis tinggi dan jangka waktu lama