Meski tergolong jarang, beberapa penderita migrain dapat mengalami komplikasi berupa:
- Stroke iskemik akibat infark migrain, terutama pada penderita migrain dengan riwayat tekanan darah tinggi, atau penyakit jantung dan pembuluh darah
- Gangguan psikologis, seperti depresi, cemas, atau panik
- Gejala aura yang tidak hilang selama lebih dari 1 minggu, tanpa adanya infark migrain
- Status migrainosus, yaitu serangan migrain parah yang berlangsung lebih dari 72 jam
- Kejang akibat migrain, yang terjadi saat migrain timbul
Selain akibat migrain, komplikasi juga dapat timbul akibat penanganan migrain, meliputi:
- Sakit kepala akibat konsumsi obat sakit kepala dalam dosis tinggi atau lebih dari 10 hari
- Sindrom serotonin, yaitu kondisi ketika kadar zat serotonin di dalam tubuh sangat tinggi sehingga menyebabkan kejang, terutama pada pasien yang mengonsumsi obat golongan triptan
- Gangguan pada perut, yang biasanya disebabkan oleh konsumsi OAINS dalam dosis tinggi dan jangka waktu lama