Penyebab batu empedu atau cholelithiasis belum diketahui secara pasti. Namun, tingginya kadar kolesterol dan bilirubin di dalam kantung empedu diduga menjadi penyebab utama terbentuknya batu empedu.

Kondisi ini terjadi akibat cairan empedu tidak dapat melarutkan kelebihan kolesterol dan bilirubin yang dihasilkan oleh hati, sehingga terjadi pengendapan di dalam kantung empedu. Seiring waktu, endapan kolesterol dan bilirubin tersebut menjadi serpihan kristal yang kemudian membentuk batu empedu.

Terbentuknya batu empedu juga dipengaruhi oleh beberapa faktor. Ada beberapa faktor yang dapat meningkatkan risiko seseorang terkena batu empedu, yaitu: