Diagnosis disentri dilakukan dengan mengambil sampel feses penderita, guna mengetahui apakah disentri disebabkan oleh bakteri atau ameba. Pemeriksaan lain akan dilakukan bila disentri menyebabkan abses hati, di antaranya dengan mengambil sampel darah atau USG perut, untuk melihat kondisi hati.

Metode pemeriksaan yang juga dapat dilakukan adalah kolonoskopi. Dalam prosedur ini, dokter akan memasukkan selang yang dilengkapi kamera dan lampu (endoskop) melalui anus, untuk melihat kondisi usus. Perlu diketahui, sebelum menjalani kolonoskopi, pasien akan diminta melakukan diet khusus selama beberapa hari. Pasien juga akan diberi obat pencahar sebelum menjalani pemeriksaan, dan obat penenang untuk membantu pasien rileks.