Gejala yang muncul pada kedua jenis disentri tidak jauh berbeda, meliputi diare disertai darah atau nanah, mual dan muntah, serta nyeri perut. Pada disentri bakteri, penderita juga merasakan kram perut dan demam. Gejala disentri bakteri biasanya muncul 1-7 hari setelah penderita terinfeksi, dan dapat berlangsung selama 3-7 hari.

Sedangkan pada penderita disentri yang disebabkan oleh ameba, penderita akan mengalami demam dan menggigil, kehilangan nafsu makan dan berat badan menurun, serta perdarahan pada dubur. Gejala bisa muncul 10 hari setelah penderita terinfeksi.

Disentri ameba juga dapat mengakibatkan penderitanya mengalami nyeri saat BAB. Kondisi tersebut terjadi akibat ameba merusak dinding usus besar, dan menyebabkan luka serta perdarahan. Pada beberapa kasus, ameba bisa masuk ke aliran darah dan menyebar ke organ tubuh lain, terutama hati. Bila kondisi ini terjadi, dapat menimbulkan kumpulan nanah di organ hati, yang disebut sebagai abses hati.

Gejala disentri ameba dapat berlangsung hingga beberapa minggu. Bila tidak segera ditangani, ameba dapat hidup di dalam usus bahkan sampai beberapa tahun. Selain dapat menyebabkan penyebaran infeksi, kondisi ini dapat menyebabkan disentri sering kambuh kembali.